对于污水处理厂经营者来说，废水样品的显微镜镜检为其控制活性污泥系统中运行条件的优劣创造了条件，从而为维持良好状况，防止、纠正不良状况的经营策略做出决定。同时，显微镜镜检也为经营者提供了以下信息：生物量情况、生物量对运行条件改变的反应、工业排放物、活性污泥法的处理效果。活性污泥系统中的混合液包含许多有机和无机的成份，通过显微镜可以观察并描述出他们的数目、结构特征及其活动，从而为活性污泥法的过程控制和故障诊断提供指导或“生物指示”。活性污泥系统中重要的有机成份包括：分散生长物、絮状颗粒、丝状生物、原生动物、轮形虫、线虫、菌胶团。此外还有刚毛虫、螺旋菌、水蚤等。活性污泥系统中重要的无机成分包括：胶体、胶状分泌物、颗粒物等。通过星明光学显微镜可以观察拍摄到微生物形态进一步了解活性污泥中的微生物。